蚌埠学院工会成立于2004年12月11日，下设21个分工会。

院工会在安徽省教科文卫体工会和校党委、行政的正确领导和大力支持下，在各二级学院（部）、各部门和广大教职工的积极配合下，围绕学校中心工作，坚持贴近大局谋发展、贴近基层谋服务、贴近教职工办实事的工作方针，以加强民主管理为目标，全面推进校务公开；以师德师风建设为主线，整体提升教职工队伍素质；以服务教职工为宗旨，系统构建关爱帮扶体系。努力实现维护、参与、教育、建设四大职能，促进学校改革、发展。2009年被市总工会授予“蚌埠市模范教工之家”光荣称号；2013年被省教育工会授予“工会工作先进集体”荣誉称号；2015年、2017年被授予“安徽省女教职工工作规范化示范单位”称号。目前，蚌埠学院工会拥有会员922人。院工会设有办公室、权益保障科、群体活动科、女工部、离退休工作办公室及教代会执行委员会、民主管理委员会、提案工作委员会、教职工权益工作委员会、财经委员会、工会经费审查委员和女职工委员会等工作机构；现有有教工活动中心一所。院工会下设21个分工会，基本实现了院工会管分工会、分工会管部门工会小组的三级管理制度。

院工会内设五个科室：办公室、权益保障科、群体活动科、女工部、离退休工作办公室